太阳能喷泉水泵的工作效率没有一个固定的数值，会受到多种因素的综合影响，通常用系统效率来衡量。商品化光伏水泵系统的系统效率一般在 1%-6% 的范围内。市场上通常把太阳电池的效率排除在外，给出一个 “机泵系统效率”，机泵系统效率高的可达 60％左右，低的仅 10％左右。

此外，太阳能喷泉水泵的电机类型也会影响其工作效率，直流无刷电机的效率通常在 85%-90%，而传统有刷电机的效率则在 60%-70%。